La Dirección de Control de Gestión tendrá como misión asesorar y aplicar métodos de control, evaluación y se​guimiento al Sistema de Control interno implementando en las Fundaciones y Corporaciones Municipales, que propendiendo al cumplimiento de las fundaciones gerenciales del ciclo administrativo, y que contribuyendo a la alta dirección en la toma de decisiones de manera acertada, a fin de que los recursos se administren bajo principios de efectividad, eficacia, eficiencia, economía, equidad, cumpliendo con el ordenamiento jurídico aplicable.

La Dirección de Control de gestión espera constituirse en 5 años, a nivel local y nacional, en pio​nera, líder y referente de control de gestión entre las instituciones del sector público, logrando aplicar eficiente y eficazmente para el efecto y hasta finales del período señalado, el modelo conocido como “Cuadro de Mando Integral” o ‘Balanced Score Card’, en todas las fundaciones y corporaciones municipales.​